《生物信息学》PPT课件 魏天迪 山东大学

 
课件内容： 
第一章：绪论 
1.1 课程介绍 
1.2 探索生物信息学神秘岛 
1.3 生物信息学是神马 
1.4 这门课学神马 
1.5 2019一流本科课程说课 
第二章：生物数据库（第一部分） 
2.1 为什么需要生物数据库 
2.2 生物数据库的分类 
2.3 文献数据库：PubMed 
2.4 一级核酸数据库：GeneBank 
2.5 一级核酸数据库：基因组数据库 
2.6 二级核酸数据库 
第二章：生物数据库（第二部分） 
2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB 
2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB 
2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2 
2.10 专用数据库：KEGG，OMIM 
第三章：序列比较（第一部分） 
3.1 认识序列 
3.2 序列相似性 
3.3 替换记分矩阵 
3.4 序列两两比较：打点法 
3.5 序列两两比较：序列比对法 
3.6 一致度和相似度 
第三章：序列比较（第二部分） 
3.7 在线双序列比对工具 
3.8 BLAST搜索 
第三章：序列比较（第三部分） 
3.9 多序列比对介绍 
3.10 在线多序列比对工具 
3.11 多序列比对的编辑和发布 
3.12 寻找保守区域 
第四章：分子进化与系统发生 
4.1 进化的故事 
4.2 基本概念 
4.3 系统发生树 
4.4 系统发生树的构建 
4.5 MEGA7构建NJ树 
4.6 课后甜品 
第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） 
5.1 蛋白质的结构 
5.2 蛋白质的二级结构 
5.3 蛋白质的三级结构 
5.4 三级结构可视化软件VMD 
第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 
5.5 计算方法预测三级结构 
5.6 三级结构的比对 
5.7 蛋白质分子表面性质 
第五章：蛋白质结构预测与分析（第三部分） 
5.8 获取蛋白质四级结构 
5.9 蛋白质-蛋白质分子对接 
5.10 蛋白质-小分子分子对接 
5.11 虚拟筛选与反向对接 
5.12 分子动力学模拟 
第六章：高通量测序技术及应用 
6.1 基因组学与测序技术 
6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用 
6.3 生物信息学面临的挑战 
6.4 从头测序 
6.5 重测序 
6.6 转录组测序 
6.7 表观基因组学 
6.8 猛犸象基因组测序计划 
6.9 古基因组学面临的挑战 
6.10 古基因组学研究中的生物信息技术 
第七章：统计基础与序列算法 
7.1 贝叶斯公式及其生物学应用 
7.2 二元预测的灵敏度和特异度 
7.3 基本序列算法 
第八章：数据挖掘 
8.1 什么是数据挖掘 
8.2 数据库系统 
8.3 机器学习 
8.4 WEKA 
第九章：编程基础与网页制作（第一部分） 
9.1 Linux操作系统 
9.2 Linux基本命令 
9.3 Perl语言基础入门 
9.4 Perl语言基础高级 
第九章：编程基础与网页制作（第二部分） 
9.5 前端开发和HTML介绍 
9.6 HTML常用标签 
9.7 设计简单的网页 
9.8 HTML与CGI简单交互 
期末考试 
期末考试